Phượng Kỳ khi mới thành lập gồm 5 thôn (trước đây gọi là xã): Như Lâm. Tứ Kỳ Hạ, Cự Đà, Thôn Đáy (Tứ Kỳ Đoàn) sau này hợp nhất 3 thôn Đáy gọi là Tứ Kỳ Phường, Lộng Khê. Năm 1969, cắt thôn Lộng Khê và Tứ Kỳ Phường về xã Tiên Động. Từ năm 1970 đến tháng 5/2019 có 3 thôn: Như Lâm, Tứ Kỳ Hạ và Cự Đà.

Từ tháng 6 năm 2019 đến nay, thực hiện Kế hoạch sáp nhập thôn, xã Phượng Kỳ còn 2 thôn: Như Lâm và Tân Hợp (tên gọi của thôn Tứ Kỳ Hạ và Cự Đà sáp nhập). Đảng bộ có 188 đảng viên, sinh hoạt tại 07 chi bộ: 02 chi bộ nông thôn, 03 chi bộ trường học, 01 chi bộ dân quân cơ động, 01 chi bộ công an.

Xã Phượng Kỳ nằm ở phía Tây Nam của huyện Tứ Kỳ, phía Bắc và Đông Bắc giáp xã Văn Tố, phía Đông giáp xã Cộng Lạc, phía Tây giáp xã Minh Đức và phía Nam giáp xã Hà Kỳ. Xã có diện tích tự nhiên là 474,29 ha, toàn xã có 1.309 hộ, 4.400 nhân khẩu.

          Nhân dân trong xã chủ yếu làm nghề nông nghiệp, buôn bán dịch vụ nhỏ lẻ, làm mộc, cơ khí, làm công nhân tại các doanh nghiệp.

          Xã có 02 điểm di tích lịch sử văn hóa: 01 di tích đình Tứ Kỳ Hạ đạt di tích lịch sử cấp tỉnh năm 2013; 01 di tích chùa Khánh Linh đạt di tích cấp quốc gia năm 1999; và 03 điểm di tích cách mạng.

          Vì sự nghiệp chung của toàn dân tộc, nhiều người con quê hương đã anh dũng hy sinh cả cuộc đời mình hoặc để lại chiến trường một phần xương máu, có 122 người con quê hương đã hy sinh cả cuộc đời mình cho Tổ quốc, 102 người đã để lại một phần xương máu của mình trên chiến trường và 12 bà mẹ Việt Nam anh hùng.

          Ngày nay trên con đường đổi mới, thực hiện mục tiêu công nghiệp hoá - hiện đại hoá đất nước, xây dựng nông thôn mới, phát huy truyền thống cần cù, sáng tạo trong lao động sản xuất, nhân dân trong xã đã tích cực hăng say học tập, áp dụng những tiến bộ của khoa học vào lao động sản xuất làm giàu cho quê hương, đất nước, đoàn kết một lòng xây dựng đời sống văn hoá mới. Xây dựng xã Phượng Kỳ an toàn về an ninh chính trị, phát triển về đời sống văn hoá – xã hội, giữ gìn, phát huy những thuần phong mỹ tục tốt đẹp của địa phương